Сталиным было подписано Постановление Государственного комитета Обороны , на основании которого было проведено выселение из прифронтовой зоны не только крымских татар, греков, румын и немцев, но и частично казаков, отнесенных к категории "лиц, признанных социально опасными". Таким образом, было проведено выселение из населенных пунктов Краснодарского края (Армавир, Майкоп, Кропоткин, Тихорецкая, Приморская, Тоннельная, Шапсугская, Лазаревская, Павловская, Варениковская, Тимашевская, Кущевская и Дефановка) и Ростовской области (Ново-Батайск, Злобейская и прилегающие к Краснодарскому краю районы Азовский, Батайский и Александровский).
Начавшаяся Великая Отечественная война спровоцировала возникновение остаточных проявлений Гражданской войны. Вот лишь несколько примеров, подтверждающих это утверждение. По докладу начальника политуправления Красной Армии Л.З.Мехлиса, только на Юго-Западном фронте с 22 июня по 20 июля 1941 года было задержано дезертиров 75 771. В Тильзитском лагере военнопленных 12 тысяч советских солдат подписали заявление, что пора превратить Отечественную войну в Гражданскую. В августе 1941 года на сторону немцев в полном составе и во главе с командиром полка донским казаком И.Н.Кононовым перешел 436-й полк.
Надежды антисоветских сил в СССР на то, что немцы пришли с миссией освобождения России от большевиков провалились, столкнувшись с нескрываемой политикой Германии, направленной на уничтожение русских. Германский историк Себастиан Хаффнер писал: "С того момента, когда русскому народу стали ясны намерения Гитлера, немецкой силе была противопоставлена сила русского народа. С этого момента был ясен исход: русские были сильнее...прежде всего потому, что для них решался вопрос жизни и смерти".
Большинство лидеров казачьей эмиграции встретило 22 июня 1941 года восторженно. Было опубликовано обращение Балабина к казакам, приказ атамана Граббе о продолжении борьбы с большевизмом совместно с германской армией. Многие из казаков пребывали в состоянии иллюзии, надеясь на то, что Гитлер призовет их на помощь и позволит после освобождения казачьих территорий установить там самостоятельное правление и провозгласить государственное образование под названием "Казакия".
Гитлер в начале победоносного наступления не нуждался в помощниках, более того, на территории Рейха был ужесточен контроль над казачьей эмиграцией. Казачьим лидерам дали понять, что они должны ждать, пока их не позовут. Надежда на широкомасштабное восстание в казачьих областях также не подтвердилась, особенно после того, как в среду казачьей эмиграции просочились сведения о казачьих частях в составе Красной Армии. С начала войны в её рядах воевали свыше 100 тысяч казаков, кавалерийские части несли большие потери. Так в июльских боях 1941 года погибло большинство казаков 6-й Кубано-Терской дивизии. С июля по декабрь 1941 года в Северо-Кавказском военном округе было создано 15 кавалерийских дивизий, в строй встало около 500 тысяч казаков.
Генерала П.Н.Краснова особенно поразил факт гибели советской казачьей кавалерийской дивизии в июле 1942 года под Харьковом. Он писал Балабину: "Донские казаки не восстали против жидовской власти...они погибли за "батюшку Сталина" и за "свою", народную, Советскую власть, возглавляемую жидами".
Однако, несмотря на столь массовое проявление героизма среди казаков-красноармейцев, советское руководство опасалось возможного пособничества оккупантам со стороны станичников в случае захвата частями вермахта казачьих областей. Это и послужило причиной того, что 4 апреля 1942 года нарком внутренних дел СССР Л.П.Берия подписал приказ , которым предписывалось Управлению НКВД по Краснодарскому краю и Керчи "немедленно приступить к очистке Новороссийска, Темрюка, Керчи, населенных пунктов Таманского полуострова, а также города Туапсе от антисоветских, чуждых и сомнительных элементов...".
Политика германского руководства в отношении к казачеству была в разные периоды Великой Отечественной войны неоднозначной и очень часто двойственной. Первоначально, по проекту Альфреда Розенберга, планировалось создание казачьей полуавтономии «Дон и Волга». Однако, вскоре, восточное министерство Третьего Рейха отказалось от идеи создания подобных искусственных территориальных образований. Причина была в следующем – краеугольным камнем «восточной политики» Германии было размежевание населения СССР по национальному признаку, а германская администрация отказывалась признавать тех же казаков особой национальной группой. В соответствии с окончательным решением гитлеровского руководства земли донских казаков включались в состав рейхскомиссариата «Украина», а кубанских и терских – в состав будущего рейхскомиссариата «Кавказ».
Управляющий иностранным отделом «Казачьего национально-освободительного движения» П. К. Харламов, после посещения Берлина, в строго конфиденциальном письме к руководителю КНОД Василию Глазкову от 10 апрелем 1942 года сообщает, что для германских властей:
«а) казачьего народа нет и быть не может,
б) казачьего вопроса нет и поставлен к разрешению он не будет,
в) казаками совершенно не интересуются и принципиально не хотят интересоваться те, от кого зависит будущая судьба Востока,
г) наконец, отношение к казакам скверное, т.е. совершенно такое же, как к остальной части русской эмиграции. Ни в одном правительственном учреждении отдельного особого референта по казачьим делам не существует…
Позицию, несколько отличную от политической элиты Берлина, отстаивало фронтовое командование. Немецкая армия несла значительные потери, и уже осенью 1941 года началось формирование отдельных казачьих сотен в составе частей вермахта . Для упорядочивания этой деятельности на Украине был создан "Штаб формирования казачьих войск".
Узаконить эти формирования смогли только после 15 апреля 1942 года, когда Гитлер разрешил использовать казачьи и кавказские части в качестве "равноправных союзников" как в борьбе с партизанами, так и на фронте. Летом 1942 года в составе 1-й танковой и 17-й полевой армий вермахта были сформированы казачьи полки "Юнгшульц" и "Платов", принявшие очень активное участие в битве за Кавказ. Успешными были действия германских казачьих частей на участке Буденновск-Ачикулак в октябре 1942 года, где они потеснили на восток части 4-го гвардейского Кубанского казачьего корпуса Н.Я.Кириченко, а также в ноябре в районе Моздока. В ходе этих боевых действий в казачьи полки вермахта влились две сотни, сформированные из местных терцев .
Признание казаков "союзниками" произошло с одновременной идеологической метаморфозой: вчерашние "недочеловеки" по заказу Розенберга были провозглашены потомками причерноморских германцев-готов.Так, 11 мая 1942 года в очередном письме-отчете о проделанной работе управляющий иностранным отделом «Казачьего национально-освободительного движения» П. К. Харламов пишет: «После того как Розенберг подробно ознакомился с положением казачьего вопроса, с его программой и целями, он дал предписание директору вышеуказанного научного института доказать происхождение черкасского /казачьего/ народа от гото-черкассов, ни в коем случае не упоминая присутствия славянского или тюркского элемента в образовании этого народа»
Нельзя сказать, что всё население казачьих областей поддержало оккупационные немецкие власти, только в районе Краснодара действовало 87 партизанских отрядов, многие из которых состояли из казаков. Однако, в тех, районах, где казачье население наиболее пострадало в ходе Гражданской войны и коллективизации, немцам оказывался радушный прием.
